A.甲公司以公允价值为10万元的存货换入乙公司的原材料，同时以银行存款支付给乙公司3万元

B.甲公司以公允价值为100万元的厂房换入乙公司持有的对丙公司的长期股权投资，同时收到补价40万元

C.甲公司以银行承兑汇票换入乙公司的一台机器设备

D.甲公司以公允价值为500万元的专利权换入乙公司一项正在建造的办公楼，同时支付补价200万元

正确答案：A

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答案解析:非货币性资产交换的认定需要满足两个基本条件：交易对象为非货币性资产；不涉及或涉及少量货币性资产（补价小于整个资产交换金额的25%）。
选项A属于：存货、原材料均属于非货币性资产，且补价占整个资产交换金额的比例=3÷（10+3）=23.08%＜25%；
选项B不属于：虽然厂房与长期股权投资均属于非货币性资产，但补价占整个资产交换金额的比例=40÷100=40%＞25%；
选项C不属于：虽然机器设备属于非货币性资产，但是银行承兑汇票属于货币性资产；
选项D不属于：虽然专利权与办公楼均属于非货币性资产，但补价占整个资产交换金额的比例=200÷（500+200）=28.57%＞25%。综上，本题应选A。

相关知识：第一节 非货币性资产交换的认定