二、酶促反应的作用机制

　　(一)酶(E)与底物(S)形成酶-底物复合物(ES)

　　酶的活性中心与底物定向结合生成ES复合物是酶催化作用的第一步。定向结合的能量来自酶活性中心功能基团与底物相互作用时形成的多种非共价键，如离子键、氢键、疏水键，也包括范德瓦力。它们结合时产生的能量称为结合能(binding energy)。这就不难理解各个酶对自己的底物的结合有选择性。

　　(二)酶与底物的过渡状态互补

　　若酶只与底物互补生成ES复合物，不能进一步促使底物进入过渡状态，那末酶的催化作用不能发生。这是因为酶与底物生成ES复合物后尚需通过酶与底物分子间形成更多的非共价健，生成酶与底物的过渡状态互补的复合物，才能完成酶的催化作用。

　　实际上在上述更多的非共价健生成的过程中底物分子由原来的基态转变成过渡状态。即底物分子成为活化分子，为底物分子进行化学反应所需的基团的组合排布、瞬间的不稳定的电荷的生成以及其他的转化等提供了条件。所以过渡状态不是一种稳定的化学物质，不同于反应过程中的中间产物。就分子的过渡状态而言，它转变为产物(P)或转变为底物(S)的概率是相等的。

　　当酶与底物生成ES复合物并进一步形成过渡状态，这过程已释放较多的结合能，现知这部分结合能可以抵消部分反应物分子活化所需的活化能，从而使原先低于活化能阈的分子也成为活化分子，于是加速化学反应的速度。

　　(三)酶促反应作用机制

　　1.邻近效应与定向排列

　　2.多元催化(multielement catalysis)

　　3.表面效应(surface effect)

　　应该指出的是，一种酶的催化反应常常是多种催化机制的综合作用，这是酶促反应高效率的重要原因。