参考答案：（1）公司章程关于利润的约定符合法律规定。根据规定，公司弥补亏损后和提取公积金所余税后利润，有限责任公司按照股东实缴的出资比例分配，但全体股东约定不按照出资比例分配的除外；股份有限公司按照股东持有的股份比例分配，但股份有限公司章程规定不按持股比例分配的除外。本题中，公司章程中可以约定不按照持股比例分配。
（2）人民法院不能直接认定股东蔡某未履行出资义务。根据规定，出资人以房屋土地使用权或者需要办理权属登记的知识产权等财产出资，已经交付公司使用但未办理权属变更手续的，当公司、其他股东或者公司债权人主张认定出资人未履行出资义务的人民法院应当责令当事人在指定的合理期间内办理权属变更手续；在前述期间办理了悦属变更手续的，人民法院应当认定其已经履行了出资义务。本题中，人民法院应当责令蔡某在指定的合理期间内办理权属变更手续，不能直接认定其未履行出资义务。
（3）万某不符合独立董事的任职资格。
根据规定，在上市公司或者其附属企业任职的人员及其直系亲属、主要社会关系（直系亲属是指配偶、父母、子女等；主要社会关系是指兄弟姐妹、岳父母、儿媳女婿、兄弟姐妹的配偶、配偶的兄弟姐妹等）不得担任独立董事。本题中万某属于主要社会关系，不得担任独立董事。
（4）公司有权拒绝股东王某的回购请求。
根据规定，股份有限公司异议股东回购请求权只是限于对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议的情形。本题中，增加注册资本不属于异议股东请求回购股权的范围，公司有权拒绝股东王某的回购请求权。
（5）王某将其所持有的股份全部转让给薛某不符合规定。根据规定，公司公开发行股份前已经发行的股份，自公司在证券交易所上市交易之日起1年内不得转让。因司法强制、继承、遗赠、依法分割等导致股份变动的除外。本题中，王某转让所持股份的时间距公司在证券交易所上市交易不足1年。

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相关知识：第三节 有限责任公司