A.房地产开发企业开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额

B.房地产开发企业提供的开发间接费用资料不实的，不得扣除

C.房地产开发企业提供的前期工程费的凭证不符合清算要求的，不得扣除

D.土地使用者转让土地，如果转让时未取得土地使用权属证书，也没有与受让人办理权属变更登记手续，不缴纳土地增值税

正确答案：A

答案解析:房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发问接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。具体核定方法由省税务机关确定。所以选项B、C不符合题意。土地使用者转让、抵押或置换土地，无论其是否取得了该土地的使用权属证书，无论其在转让、抵押或置换土地过程中是否与对方当事人办理了土地使用权属证书变更登记手续，只要土地使用者享有占有、使用、收益或处分该土地的权利，且有合同等证据表明其实质转让、抵押或置换了土地并取得了相应的经济利益，土地使用者及其对方当事人应当依照税法规定缴纳营业税、土地增值税和契税等相关税收，所以选项D不正确。

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