参考答案：1、（1）该工程采用的阶段性付款方式施工合同有效。
（2）理由：工程进度款支付方式包括：①按月结算与支付。即实行按月支付进度款，竣工后结算的办法。合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。②分段结算与支付。即当年开工、当年不能竣工的工程按照工程形象进度，划分不同阶段，支付工程进度款。当采用分段结算方式时，应在合同中约定具体的工程分段划分方法，付款周期应与计量周期一致。进度款的支付比例按照合同约定，按期中结算价款总额计，不低于60%，不高90%。
2.对于甲方提出的设计变更，项目监理机构应该按以下程序处理：建设单位在提出设计变更时，应当先填写“工程变更单”，委托设计单位编制设计变更文件并签转项目监理机构。项目监理机构处理工程变更应取得发包人授权；项目监理机构应对发包人要求的工程变更的费用和工期影响作出评估；项目监理机构应在工程变更实施前与发包人、承包人等协商确定工程变更的计价原则、计价方法或价款；发包人与承包人未能就工程变更费用达成协议时，项目监理机构应提出一个暂定价格并经发包人同意，发包人作为临时支付工程款的依据。工程变更款项最终结算时，应以发包人与承包人达成的协议为依据。
3、项目监理机构审批“工程款支付申请表”应按以下程序进行：项目监理机构的专业监理工程师应对乙方提交的“工程款支付申请表”及其附件进行审批，提出审核记录及批复建议。同意付款时，应说明应付的款额及其计算方法，报总监理工程师审核后，提请发包人审批，发包人审批同意支付该项工程款，将审批结果以“工程款支付证书”批复给施工单位，应同时抄报发包人。不同意付款时，应说明理由。
4、对于新法规造成的工程延期，应按以下方式处理：此延期事件具有持续性，承包单位在合同规定的有效期内不能提交最终详细的申述报告时，应先向监理工程师提交阶段性的详情报告。监理工程师应在调查核实阶段性报告的基础上，尽快作出延长工期的临时决定。临时决定的延期时间不宜太长，一般不超过最终批准的延期时间。待延期事件结束后，承包单位应在合同规定的期限内向监理工程师提交最终的详情报告。监理工程师应复查详情报告的全部内容，然后确定该延期事件所需要的延期时间。

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答案解析:

相关知识：第四章、建设工程投资控制