甲公司是一家制造行业的上市公司，尚未采用计算机进行事务管理和记账。按照上级主管部门的要求，决定开展一次内部控制有效性自我评价。评价工作底稿中的部分记录摘录如下； 

（1）甲公司产成品发出时，由销售部填制一式四联的出库单。仓库发出产成品后，将第一联出库单留存登记产成品卡片，第二联交存销售部留存，第三、四联交会计部会计人员A登记产成品总账和明细账。 

（2）会计人员B负责开具销售发票。在开具销售发票之前，先核对装运凭证和相应的经批准的销售单，并根据已授权批准的商品价目表填写销售发票的价格，根据装运凭证上的数量填写销售发票的数量。 

（3）甲公司的材料采购需要经授权批准后方可进行。采购部根据经批准的请购单发出订购单。货物运达后，验收部根据订购单的要求验收货物，并编制一式多联的未连续编号的验收单。仓库根据验收单验收货物，在验收单上签字后，将货物移入仓库加以保管。验收单上有数量、品名、单价等要素。验收单一联交采购部登记采购明细账和编制付款凭单，付款凭单经批准后，月末交会计部；一联交会计部登记材料明细账；一联由仓库保留并登记材料明细账。会计部根据只附验收单的付款凭单登记有关账簿。 

（4）会计部审核付款凭单后，支付采购款项。甲公司授权会计部的经理签署支票，经理将其授权给会计人员C负责，但保留了支票印章。C根据已适当批准的凭单，在确定支票收款人名称与凭单内容一致后签署支票，并在凭单上加盖“已支付”的印章。对付款控制程序的穿行测试表明，检查人员未发现与公司规定有不一致之处。 

（5）计划部根据批准，签发预先编号的生产通知单。生产部根据生产通知单填写一式四联的领料单。仓库发料后，其中一联留存，一联连同材料交还领料部，其余两联经仓库登记材料明细账后送会计部进行材料收发核算和成本核算。 

（6）甲公司股东大会批准董事会的投资权限为1亿元以下。董事会决定由总经理负责实施。总经理决定由证券部负责总额在1亿元以下的股票买卖。甲公司规定；公司划入营业部的款项由证券部申请，由会计部审核，总经理批准后划转入公司在营业部开立的资金账户。经总经理批准，证券部直接从营业部资金账户支取款项。 证券买卖、资金存取的会计纪录由会计部处理。检查人员了解和测试投资的内部控制后发现；证券部在某营业部开户的有关协议及补充协议未经会计部或其他部门审核。根据总经理的批准，会计部已将8000万元汇入该户。证券部处理证券买卖的会计纪录，月底将证券买卖清单交给会计部，会计部据以汇总登记。 

（7）甲公司控股股东的法定代表人同时兼任甲公司的法定代表人，总经理是聘任的。在公司章程及相关决议中未具体载明股东大会、董事会、总经理的融资权限和批准程序。经了解，2010年根据总经理的批示向工商银行借入了1亿元贷款。 

（8）甲公司设立了内部审计部，并直接对董事长负责。每年对子公司和各业务部进行审计，并出具审计报告。D和E注册会计师获取了2010年度所有的内部审计报告，经抽查表明，内部审计报告指出了内控存在的缺陷和改进建议。 

（9）甲公司设立现金出纳员和银行出纳员。银行出纳员负责到银行取送支票等票据，并登记银行存款日记账。月底银行出纳员取得银行对账单并编制银行存款余额调节表。 

（10）员工根据公司的批准手续报销，会计部对报销单据加以审核，现金出纳员见到加盖核准印章的支出凭据后付款。 

根据上述摘录，假定未描述的其他内容不存在内部控制缺陷，请指出甲公司内部控制在设计与运行方面的缺陷，并提出改进建议。