A.国务院设定了一项尚未制定法律的直接涉及国家安全的行政许可

B.商务部设定了一项尚未制定法律、行政法规的有关电子产品进出口配额限制的行政许可

C.某经济特区所在地的市人大制定一项地方性法规，规定在该经济特区打工的外地民工必须具有高中或中专以上文化水平

D.某省人民政府制定了一项规章，设定了一项尚未制定法律和行政法规的临时性行政许可

E.某公司申请行政许可，应当如实向行政机关提交有关材料和反映真实情况，并对其申请材料实质内容的真实性负责

正确答案：A、D、E

答案解析:A项，根据《中华人民共和国行政许可法》第十二条的规定，直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按照法定条件予以批准的事项，可以设定行政许可；第十四条规定，必要时，国务院可以采用发布决定的方式设定行政许可，实施后，除临时性行政许可事项外，国务院应当及时提请全国人民代表大会及其常务委员会制定法律，或者自行制定行政法规。D项，省、自治区、直辖市人民政府规章可以设定临时性的行政许可，此外，其他规范性文件均不可设定行政许可。E项，公民、法人或者其他组织申请行政许可，应当如实向行政机关提交有关材料和反映真实情况，并对其申请材料实质内容的真实性负责。

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相关知识：第一节 行政许可