参考答案：

(1)预付款为240万元，应扣留的质保金为60万元。
(2)结算方式有：按月结算、竣工后一次算清、分段结算和目标结算以及双方约定的其他结算方式。
(3)因为变更而增加的工程项目，在工程量清单中没有相应的项目可以直接适用，应该由承包人提出，由监理人按照规定，商定或确定合同价格，并应遵循以下的规定：
1)如果在本合同段内有相类似的项目，则应采用该类似项目的单价；
2)在1)项不适用情况下，监理人应与承包人和发包人协商新的单价，并应遵循以下原则：
①如果在本合同段或任何其他合同段的清单项目中有任何类似的工程细项或工序，则该部分细项和工序的价格应直接作为新增项目价格组成中相应细项和工序价格。
②在首先遵循第①项的前提下，新增价格的任何细项和工序的价格计算应严格参照投标过程中承包人报价的费率、材料单价、机械单价以及人工工日综合单价等所有报价原则进行计算；对于承包人的投标文件中未包含的材料价格，参照当地当期造价信息的材料价格计取。
③在遵循第①项和②项的前提下，应优先参考当地现行有关定额计算规则及规定，在当地无相关定额时，参考中国民用航空局颁布的现行民用机场工程预算定额。

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