参考答案：

问题(1)：
不妥之处①：承包范围为该工程施工图所包括的土建工程。
正确做法：既然是总承包合同，施工内容应该为施工图所包括的土建、装饰、水暖电等全部工程。
不妥之处②：本工程采用总价合同形式。
正确做法：应采用单价合同。
不妥之处③：工程质量标准要求达到承包商最优的工程质量。
正确做法：应以《建筑工程施工质量验收统一标准》GB50300--2013中规定的质量标准作为该工程的质量标准。
不妥之处④：在项目设计规定的使用年限内承担全部保修责任。
正确做法：应按《建设工程质量管理条例》的有关规定进行。
不妥之处⑤：在工程基本竣工时，支付全部合同价款。
正确做法：应明确具体的时间。
不妥之处⑥：乙方不得因甲方资金的暂时不到位而停工和拖延工期。
正确做法：应说明甲方资金不到位在什么期限内乙方不得停工和拖延工期。
问题(2)：
补充协议的不妥之处：
不妥之处①：乙方在施工前不允许将工程分包，只可以转包。
正确做法：不允许转包，可以分包。
不妥之处②：甲方不负责提供施工场地的工程地质和地下主要管线资料。
正确做法：甲方应负责提供工程地质和地下主要管线的资料。
不妥之处③：乙方应按项目经理批准的施工组织设计组织施工。
正确之处：应按工程师(或业主代表)批准的施工组织设计组织施工。
问题(3)：
该工程的合同工期应为日历天数，为588天。
问题(4)：
确定变更合同价款的程序是：
①变更发生后的14天内，承包方提出变更价款报告，经工程师确认后调整合同价；
②若变更发生后14天内，承包方不提出变更价款报告，则视为该变更不涉及价款变更；
③工程师收到变更价款报告日起14天内应对其予以确认；若无正当理由不确认时，自收到报告时算起14天后该报告自动生效。

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相关知识：第五章 工程合同价款管理