A.所有清单项目的工程量应考虑施工中的各种损耗需要增加的工程量

B.工程量计算规则是指对清单项目工程量计算的规定

C.当出现工程量计算规范附录中未包括的清单项目时，编制人员补充项目名称即可

D.补充项目清单也应采用五级十二位的方式进行编码

E.编制的补充项目应报省级或行业工程造价管理机构备案

正确答案：B、E

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答案解析:选项A错误，所有清单项目的工程量应以实体工程量为准，并以完成后的净值计算；投标人投标报价时，应在单价中考虑施工中的各种损耗和需要增加的工程量。选项B正确，工程量计算规则是指对清单项目工程量计算的规定。
选项C错误，在编制工程量清单时，当出现工程量计算规范附录中未包括的清单项目时，编制人应作补充。在工程量清单中应附补充项目的项目名称、项目特征、计量单位、工程量计算规则和工作内容。
选项D错误，补充项目的编码应按工程量计算规范的规定确定。具体做法如下：补充项目的编码由工程量计算规范的代码与B和三位阿拉伯数字组成，并应从001起顺序编制。
选项E正确，将编制的补充项目报省级或行业工程造价管理机构备案。