1.男性感染

　　主要为尿道炎。潜伏期1～3周，临床表现为尿道黏液性或黏液脓性分泌物，并有尿痛、尿道不适等症状。合并症有附睾炎、前列腺炎等。附睾炎的临床表现是一侧的附睾疼痛、肿大，有触痛。炎症明显时，阴囊表面的皮肤充血、发红、水肿。有的患者并发睾丸炎，阴囊明显肿胀、潮红、剧痛、输精管变粗。前列腺炎可无明显症状，也可出现腰酸、下腹坠胀等。直肠炎主要发生在男性同性性行为者，尤其是被动肛交者中。临床表现轻者无症状，重者有直肠疼痛、出血、腹泻及黏液性分泌物。

　　2.女性感染

　　女性主要发生宫颈炎和尿道炎。70%～90%的妇女宫颈沙眼衣原体感染无症状，可持续数月至数年。有症状发生时，可出现阴道分泌物异常，非月经期或性交后出血。尿道炎的症状有排尿困难、尿频、尿急等。衣原体宫颈感染如不治疗，可向上发展发生盆腔炎。表现有下腹痛、性交痛等，长期持续的感染可导致不育、宫外孕(异位妊娠)和慢性下腹痛。

　　孕妇的生殖道沙眼衣原体感染可增加早产、低出生体重和胎膜早破的危险性。如未经有效治疗，可传染新生儿，引起新生儿眼炎及肺炎。