1.注意区分玩忽职守罪与一般玩忽职守行为的界限。二者的关键区别在于是否造成了公共财产、国家和人民利益的重大损失。

　　2.正确区分玩忽职守罪与过失危害公共安全的犯罪的界限。刑法分则第二章规定了一些过失危害公共安全的犯罪，如生产、作业责任事故罪、工程重大安全事故罪、消防责任事故罪等等，后者的主体也可能是国家机关工作人员。玩忽职守罪与这些犯罪的区别表现在：前者是渎职罪，后者是危害公共安全的犯罪;前者主体必须是国家机关工作人员，后者主体不限于国家机关工作人员;前者发生在各种事务管理的过程中，后者一般发生在各种生产、作业以及直接从事指挥、作业的过程中。当然，不排除想象竞合犯的现象。

　　3.应当正确区分玩忽职守罪与滥用职权罪的界限。二者的关键区别在于行为方式与主观要件不同：滥用职权罪是一种积极利用、违背职责的行为(但不限于作为)，玩忽职守罪是疏忽、不认真履行职责的行为(但不限于不作为);玩忽职守罪是过失犯罪，滥用职权罪是故意犯罪。

　　4.应当正确处理法条竞合关系。刑法除规定了本罪以外，还规定了特殊的玩忽职守犯罪，如司法工作人员失职致使在押人脱逃的，也是玩忽职守行为，过去也曾当作玩忽职守罪处理，但由于刑法对该行为作了特别规定，故应严格适用特别法条优于普通法条的原则。